Die Voyager befindet sich seit zwei Monaten in einer Region, in der es keine Sterne gibt und in der man aufgrund von Thetastrahlung auch keine Sterne sehen kann. Während sich Tom Paris auf dem Holodeck mit seinem neuen Programm beschäftigt, in dem er als Captain Proton die Welt retten will, werden andere Crewmitglieder nicht so einfach mit der Isolation fertig...

Torres, Paris, der Doktor und Seven gehen mit einem Shuttle auf eine Außenmission. Sie beobachten einen Nebel, doch als dieser beginnt, zu expandieren, wird das Shuttle beschädigt. Die vier können per Notfalltransport rausgeholt werden, doch etwas scheint das Programm des Doktors beschädigt zu haben. Er wird zurück auf die Krankenstation transferiert und sein tragbarer Emitter wird zur Untersuchung in den Maschinenraum gebracht...

B'Elanna merkt, dass sie den Verlust ihrer Maquis-Freunde im Alpha-Quadranten noch immer nicht richtig verarbeitet hat. Sie sucht daher ständig nach Gefahren, in die sie sich selbst bringt, und wird bald süchtig nach dieser. Währenddessen versucht Tom Paris, ein neues Shuttle zu konstruieren...

Auf der Erde, im Garten der Sternenflottenakademie: Chakotay macht von allem Bilder und sammelt Daten. Er unterhält sich mit Boothby, um danach in eine Bar zu gehen. Dort angekommen trifft er eine Frau namens Valerie Archer. Sie unterhalten sich miteinander, als ein Fähnrich plötzlich aufschreit, da sich sein Gesicht verformt. Er wir weggetragen. Valerie fragt Chakotay, ob er jemals Probleme habe, seine Form zu behalten, was er verneint. Wie es scheint, sind dies alles Aliens, die sich als Menschen ausgeben. Chakotay und Tuvok treffen sich mit anderen Crewmitgliedern an einem bestimmten Punkt. Ein Fähnrich, der sie aufhalten will, wird kurzerhand betäubt und mitgenommen...

Als das neue Shuttle der Voyager mit Samantha Wildman an Bord verschwindet, wird die kleine Naomi Wildman in Neelix´ Obhut gegeben. Neelix schafft ein Holodeckprogramm, das auf talaxianischen Märchen und einem bezaubernden Wald basiert, um Naomi durch diese schwere Zeit zu helfen...

Fünfzehn Jahre in der Zukunft: Die Voyager hat es nach Hause geschafft, mit der "Windschatten"-Technik, die auch die Dauntless im Finale der vierten Staffel antrieb. Allerdings sind bis auf Kim und Chakotay alle tot. Die beiden haben die vergangenen fünfzehn Jahre mit dem Bestreben verbracht, mit ihrer Vergangenheit fertig zu werden. Schließlich finden die beiden mit Hilfe von Borg-Technik einen Weg, eine Nachricht in die Vergangenheit an Seven Of Nine zu senden, damit sie die Voyager davon abhalten kann, den Windschatten-Antrieb zu benutzen, was das Leben der Crew retten und die Zeitlinie verändern würde...

Seven Of Nine hat ein gespaltenes Bewußtsein, nachdem sie von einer Waffe getroffen wurde. Sie übernimmt Persönlichkeiten der Individuen, die die Borg über viele Jahre hinweg assimiliert hatten. Währenddessen möchte Naomi Wildman Mitglied der Senior-Offiziere werden. Sie sucht sich daher Seven Of Nine als Vorbild und imitiert sie...

Ein verletztes, schneckenähnliches Alien verbindet sich mit Torres, und um beide zu retten, kreiert der Doktor ein EMH-Programm, das auf einem cardassianischen Doktor basiert, der ein Experte in diesen Dingen war. B´Elanna protestiert zwar gegen einen Cardassianer als Doktor, und ihre Bedenken sind nicht ganz unbegründet. Der cardassianische Arzt zeigt eine sehr eigenwillige Interpretation des Hippokratischen Eids und benutzt einige ungewöhnliche und unethische Methoden, um seine Aufgabe zu vollenden...

Tom Paris wird zum Fähnrich degradiert und landet in der Arrestzelle. Er wird für 30 Tage unter Arrest stehen und beginnt daher, die vergangenen Ereignisse in einem Brief an seinen Vater zusammenzufassen. Paris´ Abenteuer als Captain Proton werden durch einen Ruf Chakotays unterbrochen. Alle Führungsoffiziere melden sich auf der Brücke. Man hat einen Planeten entdeckt, der vollständig aus Wasser besteht, es gibt keinen festen Kern. Da kommen drei Schiffe aus dem Wasser und greifen die Voyager an...

Die Voyager durchfliegt das Territorium mächtiger Aliens, die für Leute mit telepathischen Fähigkeiten gefährlich werden können. Janeway verliebt sich in den Anführer der Aliens...

Der Doktor nimmt sich das Äquivalent der Fotografie im 24. Jahrhundert als Hobby, und durch einige Bilder bemerkt er, dass sich irgendjemand an seinen Erinnerungen zu schaffen gemacht hat. Er findet heraus, dass die Schuldige an diesem Problem Captain Janeway ist. Janeway hat etwas in seinen Augen schreckliches, gedankenloses und inhumanes mit seinem Programm gemacht, etwas, das sein Eigenbild als ein Individuum verringert, und als er es herausfindet, fordert er sie heraus...

Eine Lebensform, die in "photonischem Raum" existiert, entdeckt die Voyager und das "Captain Proton"-Holodeckprogramm. Die Lebensform denkt, dass das Programm real ist und die Voyager und alles um sie herum eine Fälschung. Dann aber geraten die Lebewesen mit Dr. Chaotica, der in dem Programm mit Janeway verheiratet ist, aneinander und benötigen die Hilfe von Tuvok und Paris, um ihn zu besiegen...

Tuvok und Paris sind auf einer fremden Welt mit ihrem Shuttle abgestürzt. Sie treffen auf eine Frau, mit der sie nicht reden können, doch man kann ihren Namen herausfinden: Nos. Paris erklärt Tuvok, dass das Shuttle in eine Raumfalte geflogen ist, die ein ganzes Sonnensystem beinhaltet. Als man 13 Aliens scannt, die auf dem Weg zum Shuttle sind, packt man seine Sachen zusammen und flieht, da Nos sie anscheinend als Feinde betrachtet. Sie bringt Paris und Tuvok zu einem anderen abgestürztem Raumschiff. Dort reaktiviert man den Holodoc, der in der Lage ist, mit Nos zu sprechen: Sie ist schon seit 14 Jahren hier. Seitdem hat sie viele Schiffe abstürzen sehen, aber keines ist je wieder gestartet...

Die Voyager stößt auf ein Wurmloch, das offensichtlich in den Alphaquadranten führt. Doch bald stellt sich heraus, dass dieses Phänomen ein einzigartiges Raummonster ist, das die Voyager verschlingen möchte und daher die Crew mit falschen Funksprüchen aus dem Alphaquadranten täuscht. Naomi und Seven Of Nine nehmen Kontakt mit Aliens auf, die dieses Monster schon lange Zeit verfolgen. Als die Voyager verschluckt ist, muß man sich beeilen, um das Wesen zu besiegen, denn bald ist es für die Crew zu spät...

Die Voyager trifft auf eine Borg-Kugel. Durch einen Zufall schafft man es, sie zu zerstören. Janeway entscheidet daraufhin, die Kugel auszuschlachten. Durch ein paar Datenmodule kann man die Kurse von Borg-Schiffen verfolgen. Man spürt eine durch einen Ionensturm schwer beschädigte Borgkugel auf. Janeway will dort einbrechen und Transwarpmodule stehlen. Doch das Kollektiv hat wieder Kontakt zu Seven aufgenommen und sie vor eine Wahl gestellt: Sie kehrt wieder ins Kollektiv zurück, oder die Voyager wird assimiliert...

Die Voyager trifft auf eine Borg-Kugel. Durch einen Zufall schafft man es, sie zu zerstören. Janeway entscheidet daraufhin, die Kugel auszuschlachten. Durch ein paar Datenmodule kann man die Kurse von Borg-Schiffen verfolgen. Man spürt eine durch einen Ionensturm schwer beschädigte Borgkugel auf. Janeway will dort einbrechen und Transwarpmodule stehlen. Doch das Kollektiv hat wieder Kontakt zu Seven aufgenommen und sie vor eine Wahl gestellt: Sie kehrt wieder ins Kollektiv zurück, oder die Voyager wird assimiliert...

Harry wird mit Derran Tal, einer Varro, intim und hat auch mit ihr Verkehr. Da jedoch laut Sternenflottenvorschriften ungeschützter Verkehr mit fremden Rassen verboten ist, verheimlicht er sein Abenteuer. Als Harrys Haut jedoch zu leuchten beginnt, kommt heraus, dass dies eine Folge des Verkehrs mit Tal ist. Janeway befiehlt Harry, die Beziehung sofort zu beenden und trägt einen Vermerk in seine Akte ein. Ein Varron berichtet daraufhin der Crew, dass viele seiner Leute das Generationenschiff, mit dem die Varron unterwegs sind, verlassen wollen. Anscheinend gibt es einen Saboteur, der unbekannte Viren auf der Außenhaut des Schiffes ausgesetzt hat...

Die Crew ist mit Hilfe eines modifizierten Warpantriebes nur noch zwei Jahre von zu Hause entfernt. Janeway möchte jedoch auf ein paar Umwegen noch einige Raumphänomene untersuchen. Als Torres und Paris gerade ihre Hochzeitsreise unternehmen wollen, gibt es ein Problem im Maschinenraum. Seven und Torres entdecken ein Röhrenfragment in einer Jeffries-Röhre, das in einem strukturellen Fluß ist. Zuerst denkt man, dass die Strahlung des modifizierten Warpkernes die Materie verändere. Doch auch eine Abschaltung bringt keine Besserung...

Die Voyager ist in einer chaotischen Gegend des Raumes gefangen. Die einzige Möglichkeit, zu entkommen, ist Chakotay, der versucht, mit der Rasse, die dort lebt, zu kommunizieren.Wir erfahren, dass Chakotay in einem Boxring war, als der Ring sich verzerrte und er bewußtlos geschlagen wurde und daraufhin über den Boxring halluzinierte. Der Doktor entdeckt eine versteckte genetische Unregelmäßigkeit, die bei Chakotay ausgelöst wurde...

Die Voyager wird von den Hazari-Kopfgeldjägern gejagt, als sie auf einen "Think Tank" trifft - ein kleines, exotisches Schiff, auf dem mehrere verschiedene Lebensformen leben, die telepathisch kommunizieren können. Ihr Sprecher, Kurros, bietet der Crew Hilfe gegen die Hazari an - gegen Seven Of Nine als Preis. Als Seven sich weigert, der Crew des "Think Tank" beizutreten, versuchen sie, Seven mit Gewalt zu holen...

Die Voyager empfängt einen Notruf und folgt ihm. Man fliegt durch ein Feld voller Rettungskapseln, kann jedoch nur zwei Lebenszeichen ausmachen. Man beamt diese Wesen an Bord und erkennt, dass es Malon sind. Einer der beiden erwacht und berichtet davon, dass er nach einer Reihe von Systemausfällen zur Evakuierung des Schiffes gezwungen war. Er ist überrascht, als er erfährt, dass sein Frachter noch nicht explodiert ist. Geschieht dies, so wird alles im Umkreis von 3 Lichtjahren kontaminiert. Janeway sieht keine andere Möglichkeit und setzt Kurs auf den Frachter, um ihn zu entschärfen...

Als Torres eines Abends im Casino Seven bemerkt, die sie und Paris beobachtet, geht sie zu ihr, da sie sich schon länger von Seven beobachtet fühlt. Torres ist empört, als sie erfährt, dass Seven Daten über humanoide Beziehungen sammelt und sehr intime Details ihres Liebeslebens kennt. Während die Voyager einen Empfang hat, da sie einen neuen Erstkontakt gemacht hat, animiert der Doktor Seven dazu, in der Praxis etwas über Beziehungen zu lernen und nicht nur durch Beobachtungen...

Janeway forscht nach der Geschichte einer ihrer Vorfahren, Shannon O´Donnell, die erste einer langen Reihe von Forschern in ihrer Familie. In der Stadt Portage Creek gegen Ende des Jahres 1999 ist Shannon O´Donnell eine Wissenschaftlerin, die am Bau des "Millenium-Tores" beteiligt ist, eines über eine halbe Meile hohen Turmes, der ein Modell für die erste Marskolonie sein soll. O´Donnell hat jedoch Probleme damit, Henry Janeway, den Inhaber der Stadtbibliothek und letzten Gegner des Projektes, davon zu überzeugen, dem Bau zuzustimmen...

Janeway macht mit einem Admiral vor der Abreise der Voyager eine Tour durch das Schiff und stößt dabei mit Seven zusammen, die in Sternenflottenuniform und ohne ihre Implantate herumläuft. Des Rätsels Lösung: Seven wurde von der Sternenflotte aus dem 29. Jahrhundert (von Lt. Ducane von der Relativity) damit beauftragt, an Bord der Voyager einen temporalen Disruptor zu suchen...

Die Voyager trifft auf zwei Rassen, die sich im Krieg befinden. Als eine Seite "aus Versehen" eine intelligente Bombe abschießt, liegt es an der Voyager, sie zu stoppen, bevor die andere Rasse vernichtet wird. Die Schwierigkeit ist, dass die Bombe empfindungsfähig ist und nur dadurch Befriedigung erlangt, dass sie explodiert. Die Crew der Voyager schafft es jedoch, die Persönlichkeit der Bombe in die Subroutinen des Doktors zu implantieren; der Doktor wird zum Sprachrohr der Bombe...

Die Crew trifft auf das Nova-Klasse-Forschungsschiff "U.S.S. Equinox", das ebenfalls vom Fürsorger in den Delta-Quadranten gezogen wurde. Die kleine Crew hat jedoch anscheinend die Oberste Direktive über Bord geworfen und versucht mit allen Mitteln, nach Hause zu kommen. Sie haben offensichtlich eine Möglichkeit gefunden, Energie von einer vorher unbekannten Rasse abzuziehen, indem sie die ethischen Subroutinen ihres Holodoc entfernten und ihn eine Methode dazu finden ließen. Dass die Aliens dabei sterben, scheint der Crew egal zu sein. An einem Punkt wird der gute Holodoc von der Voyager mit dem "bösen" Holodoc der Equinox vertauscht, doch niemand merkt es. Mittlerweile befindet sich die Equinox vor den Aliens, die durch winzige Risse in der Außenhaut in das Schiff eindringen, auf der Flucht...