Die Crew findet ein altes Artefakt von der Erde im All. Die Spur führt zu einem Planeten. Nach atmosphärischen Störungen ist die Voyager dazu gezwungen, auf dem Planeten zu landen. Captain Janeway führt ein Außenteam an, um die Quelle des SOS-Signals zu finden. Sie entdecken ein altes Flugzeug der Erde und eine massive Kammer, die 8 eingefrorene Terraner beherbergt, darunter Amelia Earhart. Nachdem sie die Leute befreit haben, wird die Crew von Einheimischen angegriffen, die sie für Briori halten, eine fremde Rasse, die 300 Menschen von der Erde des Jahres 1937 entführten und auf diesen Planeten als Sklaven brachten. Die Crew erfährt, dass nach einiger Zeit die Sklaven revoltierten und ihre Herrscher umbrachten. Die acht Überlebenden "37er" wurden ein Teil der Geschichte des Planeten und die cryogenische Kammer ein Heiligtum. Seitdem kultivierten die Nachkommen der 300 Menschen den Planeten und erschufen eine Heimat, die der Erde ähnlich kommt. Die Crew der Voyager wird eingeladen zu bleiben und Janeway erlaubt jedem Crewmitglied, zu entscheiden, ob es bleiben will oder nicht...

Chakotay nimmt ein Shuttle, um das Pakra durchzuführen, ein altes indianisches Ritual, wo er allein über den Tod seines Vaters trauert. Dabei kommt er unbeabsichtigt in Raumgebiet der Kazon, welche einen jungen Kazon aussenden, der Chakotay im Rahmen eines Ritus töten soll, damit er seinen Ogla-Krieger-Namen verdient. Chakotay zerstört das Schiff und rettet den Kazon namens Kar. Dann werden beide mit einem Traktorstrahl von einem großen Kazon-Schiff eingefangen. Die Kazon Razik und Haliz stellen fest, dass Kar seinen Namen als Krieger nicht verdient und dass er deshalb von der Hand seines Feindes, Chakotay, getötet werden soll. Inzwischen versucht die Voyager, ihren vermißten Kameraden zu finden...

Das medizinische Notfallprogramm wird aktiviert. Als der Holodoktor materialisiert, stellt er fest, dass niemand in der Krankenstation ist. Der Computer unterrichtet den Holodoktor, dass die gesamte Crew die Voyager verlassen hat. Der Doktor will sich gerade wieder deaktivieren, als sich plötzlich Torres durch eine der ausgefallenen Automatiktüren zwängt. Torres erzählt, dass die Voyager von zwei Kazonschiffen überrascht und schwer beschädigt wurde. Als der Holodoktor unerwartet von einem Kazon angegriffen wird, verletzt sich der Doktor und blutet. Der Computer gibt ihm die Auskunft, dass sich keine holographischen Systeme auf der Krankenstation befänden. Plötzlich betritt ein unbekannter die Station. Es ist Lt. Barclay, der den Holodoktor auffordert, das Schiff zu zerstören...

Kes kommt 3 Jahre zu früh in ihre Paarungszeit und schließt sich mit Neelix ein. Die Frauen ihrer Rasse legen ein 48-stündiges Paarungsritual ab. Dies ist die einzige Zeit, in der sie empfängnisbereit sind. Neelix fragt daraufhin Tuvok um Rat, wie man sich als Vater verhält. Währenddessen rammt das Schiff ein gigantisches Alien, das danach denkt, die Voyager sei ein Rivale...

Harry Kim wacht auf und befindet sich plötzlich in San Francisco. Er arbeitet als Design-Spezialist für die Sternenflotte und ist verlobt mit Libby. Ein Blick in seine Personalakte zeigt ihm, dass er nie auf der Voyager war. Dann trifft er auf ein freundliches Alien namens Cosimo, der ihm erzählt, dass er in eine alternative Zeitlinie geraten ist. Auf der Suche nach einer Rückkehr besucht er auch Tom Paris in Marseille...

Während Kes ihren zweiten Geburtstag feiert, entdeckt die Voyager eine Raumverzerrung, die das Schiff in einen Irrgarten verwandelt. Jede Entscheidung, die getroffen wird, hat zur Folge, dass die möglichen Wege immer weiter eingeschränkt werden. Captain Janeway wird außer Gefecht gesetzt, Neelix verschwindet, der Doktor befindet sich plötzlich in Tom Paris' Holosimulation und der Rest der Crew steckt in einem Labyrinth auf Deck 6 fest...

Nachdem Kes sich mit Tom Paris unterhalten hat, wird Neelix eifersüchtig und fängt schließlich einen Streit mit Paris an, der zu einer regelrechten Essensschlacht führt. Zur Strafe schickt Janeway beide mit einem Shuttle zu einem Planeten, um neue Lebensmittel zu besorgen. Auf dem Planeten treffen sie auf giftige Dämpfe und flüchten in eine Höhle. Dort sehen sie sich plötzlich in der Rolle von Babysittern für ein Alienbaby in einer Art Brutkasten. Schließlich kommt die Mutter...

Die Voyager ist auf dem Weg zu einem Treffen mit den Bothan, als sie von einem psionischen Feld erfaßt wird. Die Crew fällt in eine Starre, währenddessen sie massive Halluzinationen erleiden. Ihre am tiefsten vergrabenen Gedanken dringen an die Oberfläche. Janeways Holo-Roman-Charaktere werden lebendig, ihr Liebhaber ist zu sehen, Tom Paris begegnet seinem Vater, Tuvok seiner Frau, und Chakotay verführt B'Elanna Torres. Nur Kes und der Doktor sind unbeeinflußt und versuchen, dass mysteriöse Feld zu neutralisieren...

Während Chakotay mit einem Außenteam auf einem Mond nach wichtigen Mineralien bohrt, stören sie versehentlich eine Siedlung und entdecken die Einwohner, die sich verteidigen wollen. Es sind Indianer! Chakotay erlebt seine Jugend wieder, wo er als trotziger 15jähriger seinen Vater enttäuschte, als er die Traditionen seines Stammes nicht erfüllte. Die Ureinwohner benutzen eine Tarnvorrichtung, um die Voyager außer Gefecht zu setzen. Das Außenteam muß den Mond verlassen, außer Chakotay, denen seine Tattoos vertraut vorkommen. Chakotay erkennt die Sprache der Aliens als die seines eigenen Volkes und erklärt, dass die Voyager-Crew ihnen nichts böses will. Dabei schließt er mit seinem toten Vater Frieden. Derweil beschäftigt sich der Doktor mit der schwangeren Fähnrich Wildman und wird von Kes aufgefordert, mehr Mitgefühl zu seinen Patienten zu zeigen. Als Ergebnis programmiert der Doktor sich selbst mit einem Grippevirus, um Erfahrungen zu sammeln...

Die Crew wird von einer Ocampa-Kolonie auf einer fremden Raumstation gerufen. Tanis, ein männlicher Ocampa, stimmt zu, Janeway und ihre Crew einem Wesen namens Suspiria vorzustellen, dem weiblichen Fürsorger. Darin sehen sie eine Chance nach Hause zurückzukehren. Als Tuvok Kes lehrt, ihre schnell reifenden mentalen Fähigkeiten zu kontrollieren, stellt sich heraus, dass sie über ungeschätzte Mächte verfügt. Tanis versucht, Kes zu überreden, bei den anderen Ocampa zu bleiben...

Einige Kazon dringen in die Voyager ein und entwenden ein Transporter-Kontroll-Modul, was es dem Kazon-Führer Culluh ermöglicht, seine gegnerischen Sektenführer dazu zu überreden, gemeinsam einen Angriff auf das Föderationsschiff zu starten. Überraschenderweise ist der führende Kopf hinter dem Plan ein Experte in cardassianischer, Marquis- und Sternenflotten-Taktik - niemand anderes als Seska, die Verräterin und frühere Vertraute Chakotays. Als Chakotay von dem Verrat erfährt, versucht er auf eigene Faust, ihren Plan zu vereiteln. Doch die Kazon nehmen ihn gefangen und verhören ihn brutal...

Auf der Suche nach wertvollem Tellerium für die Energieversorgung des Schiffs, beamen Janeway, Tuvok, Torres und Neelix in eine aurianische Stadt, die von den feindlichen Mokra besetzt ist. Tuvok und Torres werden von den Mokra gefangengenommen, während Neelix nicht entdeckt wird und mit den wichtigen Mineralien zum Schiff zurückkehrt. Während der Rettungsmission muß sich Janeway auf den exzentrischen Caylem verlassen, der denkt, sie sei seine lange vermißte Tochter...

Nachdem die Crew einen deaktivierten humanoiden Roboter mit einer ungewöhnlichen Energiequelle im Weltall aufgelesen hat, kann B'Elanna Torres ihn reparieren. Die künstliche Lebensform identifiziert sich mit "Automatische Einheit 3947" und erklärt, dass seine Art kurz vor dem Aussterben steht und dass Torres einen neuen Prototypen zur Konstruktion neuer Einheiten bauen soll. Wegen der Hauptdirektive muß sie aber ablehnen. Als das Pralor-Heimatschiff von "3947" entdeckt wird, entführen die Roboter Torres und zwingen sie dazu, den Prototypen zu bauen, ansonsten wird die Voyager zerstört...

Nachdem die Voyager mehrfach von den Kazon angegriffen wurde und ein Besatzungsmitglied verlor, stimmt sie widerwillig zu, ein Bündnis mit einigen Kazon-Führern zu schließen. Auf der Suche nach einem Vermittler reist Neelix nach Sobras, einem Kazon-Planeten. Dort trifft er auf Jal Tersa, den Führer der Kazon-Pommar. Neelix freundet sich auch mit Mabus an, dem Führer der Trabe, einem bitteren Feind der Kazon. Janeway versucht, mit ihnen ein Bündnis einzugehen, was jedoch zu einem tödlichen Resultat führt...

Lt. Paris geht als erster Mensch in die Geschichte ein, der mit Warp 10 geflogen ist. Doch kurz nach seiner Transwarp-Reise beginnen in seinem Körper biochemische Veränderungen: Seine Zellmembranen degradieren und Paris stirbt. Stunden nach seinem Tod atmet er wieder und sein Körper durchläuft Mutationen, bis er schließlich in eine bizarre Kreuzung aus Mensch und Amphibium transformiert ist...

Die Untersuchung eines Mordes an einem Crewmitglied führt Tuvok zu Fähnrich Suder, der schließlich die Tat gesteht. Um die Motive für die Tat zu ergründen, begeht Tuvok einen folgenschweren Fehler: Er unternimmt eine Geistesverschmelzung mit Suder. Als Tuvok sich dann vom Dienst zurückzieht, versucht der Doktor eine Behandlung, die Tuvoks Fähigkeiten zur Unterdrückung von Emotionen ausschaltet. Inzwischen entlarvt Chakotay Paris' illegale Glücksspiele und Neelix versucht sich als Moraloffizier...

Die Voyager verfolgt eine von Cardassianern entwickelte, selbststeuernde Rakete, die einen Sprengkopf von enormer Sprengkraft trägt und die nach Rakosan steuert, einen stark bewohnten Planeten. Torres berichtet, dass sie teilweise für die Rakete verantwortlich ist. In ihrer Zeit beim Maquis hat sie solche Raketen umgerüstet, um gegen Cardassia eingesetzt zu werden. Sie beamt in das Innere der Rakete, um zu versuchen, die Programmierung zu ändern. Doch die Rakete hat einen Selbstverteidigungsmechanismus. Inzwischen überträgt Jonas die geheimen Informationen an Seska...

Captain Janeway muß entscheiden, ob sie einem ausgestoßenen Mitglied des Q-Kontinuums Asyl gewähren soll, der beabsichtigt, Selbstmord zu begehen, weil er seine Unsterblichkeit nicht länger tolerieren kann. Als der altbekannte Q daraufhin erscheint, um ihn ins Kontinuum zurückzuholen, veranstaltet Janeway einen Gerichtsprozeß, der entscheiden soll, ob der Ausgestoßene unsterblich bleiben oder sterblich werden soll. Als Zeuge ruft Q unter anderem William Riker auf...

Die Voyager entdeckt einen Notruf von einem kleinen Schiff und beamt eine todkranke Vidianerin in die Krankenstation. Der Doktor diagnostiziert ein fortgeschrittenes Stadium der Phage-Krankheit. Er versetzt sie in Stasis und erschafft eine temporäre, gesunde holographische Kopie ihrer selbst. Als er sie näher kennenlernt, läßt sein Programm ihn Liebe und Romantik erleben. Lt. Paris ist weiterhin ungehorsam, währenddessen erhält Jonas Anweisungen von Seska. Er soll die Voyager sabotieren, so dass die Warpgondeln beschädigt werden...

Neelix, der sich plötzlich als Journalist ansieht, hört ein Gerücht, dass jemand von der Voyager-Crew unzufrieden mit der Sternenflotte ist, und deshalb austreten will. Bald wird Tom Paris entlassen, um Pilot bei einem talaxianischen Convoy zu werden. Kurz danach wird die Flotte von den Kazon unter der Hilfe von Seska angegriffen, und Paris entführt, um geheime Informationen von ihm zu erlangen...

Die Voyager verfolgt ein vidianisches Schiff und gelangt dabei in eine Plasma-Wolke. Der Antrieb versagt, die Antimaterie-Zuführung schlägt leck und eine Protonenexplosion im Schiff bedroht die strukturelle Integrität des Schiffes. Nachdem Kim und Kes in einem Raumloch verschwinden, entdeckt die Voyager eine exakte Kopie des Schiffes. Der Doktor versucht derweil, das neugeborene, halb menschliche, halb katarianische Baby von Fähnrich Wildman am Leben zu erhalten. Janeway entdeckt, dass durch ein Divergenzfeld die Voyager dupliziert wurde. Doch nur ein Schiff kann mit der vorhandenen Antimaterie überleben. Als das Vidianer-Schiff erneut angreift, trifft sich Janeway mit sich selbst, um über eine Lösung zu beraten...

Das Shuttle mit Tuvok und Bennet muß auf einem heiligen Ort der Drayaner notlanden. Diese haben jahrzehntelang jeden Kontakt mit anderen vermieden. Während Bennet im Sterben liegt, wagen drei drayanische Kinder den Kontakt. Tuvok erfährt, dass die drei ausgestoßen wurden und nun auf die Ankunft des "Morrok" warten, dem Boten des Todes. Tuvok soll ihnen helfen. Während der Nacht verschwinden zwei der Kinder. Inzwischen hat Janeway Kontakt mit der Drayanischen Führerin, Alicia, hergestellt...

Die Voyager aktiviert eine automatische Nachricht der Kohl-Siedlung, die vor Jahren eine Umweltkatastrophe überlebt hat, indem sie sich in einen künstlichen Tiefschlaf versetzt hatten. Als einige Schlafbehälter an Bord geholt werden, wird entdeckt, dass die Gehirne der Wesen stark aktiv sind und durch einen Computer und ein Sensorsystem kontrolliert werden. Um dem Kohl-Volk zu helfen, begeben sich Torres und Kim auch in Stasis und gehen in die künstliche Realität der Wesen. Dort entdecken sie, dass der Computer einen allmächtigen Clown kreiert hat, der die Angst der Wesen vor ihrer Wiederbelebung widerspiegelt. Dieser Clown nimmt plötzlich die beiden als Geiseln, um Janeway zu erpressen...

Eine bizarre Fehlfunktion führt dazu, dass Neelix und Tuvok nach einem Transport zurück auf die Voyager als ein Wesen materialisieren, Tuvix. Während sich Tuvix problemlos in die Crew einfügt, muß sich Kes damit auseinandersetzen, dass es ihren Neelix nicht mehr gibt. Der Doktor entwickelt eine Methode, um Tuvix wieder zurückzuverwandeln. Dieser will jedoch nicht sterben. Da der Doktor nicht gegen die ethischen Werte handeln kann, überläßt er Janeway die Entscheidung...

Als Janeway und Chakotay durch einen Insektenstich mit einem tödlichen Virus angesteckt werden, sucht der Doktor vergeblich nach einer Heilung. Tuvok erhält das Kommando über das Schiff. Janeway und Chakotay ziehen sich auf einen Planeten zurück, der die Folgen der Krankheit lindern kann. Captain Janeway gibt Tuvok den Befehl, auf keinen Fall die Vidianer zu kontaktieren, obwohl diese aufgrund ihrer medizinischen Fähigkeiten sicher helfen könnten. Während Janeway und Chakotay allein auf dem Planeten sind, erforschen sie eine andere Seite ihrer Beziehung...

In einem Notruf an Chakotay berichtet Seska davon, dass ihr neugeborener Sohn von Culluh in eine Diener-Kolonie verbannt worden ist. Chakotay kann sich nicht entscheiden, ob er das Kind befreien soll, da er von Seska ungewollt in eine Vaterschaft verwickelt wurde. Als die Crew ein Notsignal von einem Kazon-Shuttle empfängt, wird der schwerverletzte Teirna auf die Voyager gebeamt. Er ist ein früherer Komplize von Seska, der erzählt, Culluh habe Seska getötet. Die Voyager begibt sich in Kazon-Nistrim-Territorium, wo sie sofort angegriffen wird. Es dauert nicht lange und die Voyager-Crew muß sich ergeben und übergibt das Schiff den Kazon. Culluh hat sie überlistet und auch Seska und ihr Sohn sind völlig wohlauf. Die 148 Crewmitglieder werden auf Hanon IV zurückgelassen, einem unwirtlichen Planeten. Das Schiff verläßt den Planeten, doch es sind noch zwei Sternenflotten-Crewmitglieder an Bord...