Die DS9-Crew bemannt mit Hilfe eines Romulaners und Cardassianers ein neues Schiff, die U.S.S. Defiant, um sich auf die Suche nach den Führern des Dominion zu begeben. Die Besatzung konfrontiert die feindliche Rasse der Jem'Hadar in einen erbitterten Krieg. Trotz der überlegenen Verteidigungsmöglichkeiten der Defiant können die Jem'Hadar nicht endgültig besiegt werden. Durch die Hinzufügung der Defiant zum Arsenal der Raumstation wird es der Besatzung künftig möglich sein, in größeren Teams in den Gamma-Quadranten vorzudringen...

Kira und Odo begeben sich im Gamma-Quadranten auf die Suche nach Sisko. Dort finden sie Odos Heimatplaneten. Zu Odos Überraschung stellen sich die Wechselbälger als Gründer des Dominions heraus, die damit Ordnung im Gamma-Quadranten schaffen wollten...

Um seine Geschäfte zu verbessern und Respekt zu gewinnen, lügt Quark über die Ermordung eines Klingonen, der dabei einen ehrenvollen Tod gestorben sein soll. Er weiß jedoch nicht, dass nach klingonischer Tradition die Witwe ihn als seinen neuen Ehemann erwählen kann. Quark kann jedoch auch nicht die Wahrheit sagen, da er dann selbst getötet werden würde...

Nachdem Jadzia merkwürdige Anfälle und Halluzinationen bekam, bringt man sie nach Trill, um sie behandeln zu lassen. Dort wird entdeckt, dass ihr ein für den Kontakt zum Symbionten wichtiger Stoff fehlt. Nach der scheinbaren Heilung fällt Jadzia plötzlich ins Koma. Da Sisko den Trill-Ärzten nicht traut, beginnt er mit eigenen Nachforschungen und entdeckt, dass Dax einen Wirt hatte, der aus ihrem Gedächtnis gelöscht wurde. Mit diesen Informationen rettet er Jadzia, die die Ärzte bereits aufgeben wollten...

Eine bajoranische Verwaltungsangestellte will Kira über eine 8-tägige cardassianische Gefangenschaft befragen, woran sich Kira aber nicht erinnern kann. Kira stellt mit Odo Nachforschungen an und findet den letzten überlebenden Mitgefangenen. Dieser bestätigt Kiras Gefangenschaft, worauf diese nach Bajor reist. Dort kommt sie jedoch nicht an. Sie erwacht als Cardassianerin und man erklärt ihr, dass sie in Wirklichkeit eine cardassianische Langzeitspionin ist, die gegen eine bajoranische Widerstandskämpferin ausgetauscht wurde. Ihr richtiger Name sei Iliana Gmor. Schließlich begegnet sie noch ihrem angeblichen cardassianischen Vater. Inzwischen hat Garak Bashir verraten, wo Kira festgehalten wird und Sisko nimmt ihn auf eine Rettungsmission mit der als Frachter getarnten Defiant mit. Kira wird unter Drogen verhört. Ihr Vater gibt sich schließlich als Dissident aus und will sie in Sicherheit bringen, was ihm mit Hilfe von Sisko gelingt...

Quark entdeckt auf einem Schiff aus dem Gamma-Quadranten in einem Container ein fremdes Kind. Bashir findet heraus, dass dessen Metabolismus unglaublich beschleunigt ist. In Stunden entwickelt es sich um 8 Jahre und spricht und versteht die anderen. Man entdeckt, dass es sich um einen Jem'Hadar handelt, der genetisch verändert wurde, um Wechselbälger zu respektieren. Odo versucht, den Jungen davon zu überzeugen, dass es mehr im Leben gibt als kämpfen und töten. Währenddessen versucht Jake Sisko zu dem Dabo-Mädchen Marta eine Beziehung aufzubauen...

O'Brien und Jake Sisko arbeiten an der Prozessoreinheit des Computers, als sie plötzlich ein altes, cardassianisches Gerät aktivieren. Sie werden gefangen. Während Kira versucht, das Lebenserhaltungssystem der Station zu zerstören, um ein freigegebenes giftiges Gas aufzuhalten, destabilisiert sich die Station und die Konstruktion droht, innerhalb von 2 Stunden zusammenzubrechen. Die Crew kämpft gegen die Zeit...

Bei einer Expedition mit der Defiant in den Gamma-Quadranten entdecken Sisko, Dax und Bashir einen Planeten, der plötzlich materialisiert. Dieser Planet ist Meridian, welcher sich zwischen den Dimensionen bewegt. Dax verliebt sich in einen Einheimischen, doch ihre Beziehung wird durch schlechte Neuigkeiten unterbrochen. Meridian wird für 60 Jahre mit seinem Planeten in eine andere Dimension verschwinden und Dax will alles dafür opfern, um bei ihrem Geliebten zu bleiben...

William Riker besucht DS9 und stiehlt auf einer Führung durch die Station mit Kira die Defiant, nachdem er Kira niedergeschossen hat. In Wahrheit ist er Thomas Riker, Williams Duplikat, der sich den abtrünnigen Maquis angeschlossen hat, die er dann auf das Schiff beamt. Er will mit der Defiant einen Angriff auf die Cardassianer starten. Sisko ist wieder einmal gezwungen, Gul Dukat um Hilfe zu bitten, damit er Thomas Riker stoppen kann. Dazu reist er selbst nach Cardassia Prime, um zu helfen. Nachdem die Defiant einen cardassianischen Außenposten vernichtet hat, gelingt es Kira, den Tarnschild der Defiant zu sabotieren. Daraufhin versteckt Riker das Schiff in einem Nebel. Riker erklärt, dass er beweisen will, dass die Cardassianer eine geheime Angriffsflotte auf Orius III stationiert haben, was scheinbar wirklich der Fall ist. Da selbst Dukat nicht weiß, was im Orius-System vorgeht, handelt er aus, dass, wenn Riker aufgibt, die Föderation die Defiant und die Cardassianer die Sensor-Logbücher der Defiant und Riker bekommen. Dieser soll zu lebenslänglichem Arbeitslager verurteilt werden. Kira verspricht ihm jedoch, ihn zu befreien...

Die Station bereitet sich auf das bajoranische Dankesfest vor. Keiko kommt erschöpft von einer botanischen Expedition auf Bajor zurück, begleitet von Lwaxana Troi. Nachdem das Fest eröffnet ist, beginnen sich alle gegenseitig ineinander zu verlieben. O'Brien erfährt, dass seine Frau noch weitere 7 Monate auf Bajor arbeiten soll und entschließt sich, mit ihr nach Bajor zu ziehen. Währenddessen eskaliert die Situation auf DS9, Eifersuchtsanfälle häufen sich. Schließlich stellt Bashir bei Lwaxana Troi das Betazoidische Fieber fest, dass sie dazu bringt, Emotionen auf andere zu übertragen. Sie wird geheilt und verabschiedet sich von Odo, der sich mehr für Kira interessiert...

Sisko und seine Crew fliegen zur Erde zu einem Symposiom über den Gamma-Quadranten. Ein Transporterunfall schickt Sisko, Bashir und Dax drei Jahrhunderte in die Vergangenheit, in das frühe 21. Jahrhundert. Sisko und Bashir werden in ein Hochsicherheitsghetto mit Arbeitslosen, Obdachlosen und Geisteskranken gebracht. Dax versucht mit der Hilfe von Informationsmogul Chris Brynner, ihre Freunde zu finden. Sisko und Bashir haben herausgefunden, dass sie kurz vor einem historischen Ereignis stehen, dem Bell Riots, der mit einem Aufstand in San Francisco verbunden ist. Ein Mann namens Gabriel Bell, der der Geschichte nach bei diesem Aufstand wichtige Geiseln befreien sollte, wird getötet, als er Bashir beschützen will. Sisko versucht die Rolle von Bell zu übernehmen...

Sisko alias Bell trifft sich mit Regierungsvertretern und fordert die Wiedereinstellung der Arbeiter. Währenddessen wächst die Spannung bei der Geiselnahme. Als die Regierung das Ghetto stürmen läßt, sieht sich Sisko dem Tod geweiht. Nach den Geschichtsbüchern sollte Bell sterben. In letzter Sekunde schaffen sie es, in ihre Zeit zurückzukehren...

Vedek Bareil wird auf einem bajoranischen Transporter verletzt, während er zusammen mit Kai Winn zu einer Friedensverhandlung mit den Cardassianern unterwegs ist. Er stirbt, aber Bashir revitalisiert sein Gehirn, weil Winn seinen Rat braucht, da nur er völlig vertraut mit dem Vertrag ist. Als die Gespräche in eine kritische Phase kommen, ist die einzige Möglichkeit, Bareils Wissen zu nutzen, mit der Aufgabe seiner Menschlichkeit und eventuell seines Lebens verbunden...

Odo und Kira verfolgen ein abtrünniges Maquis-Schiff und beamen auf einen Planeten. Kiras Leben wird scheinbar von einem um sie herum wachsenden Kristall bedroht und Odo versucht alles, um sie zu retten. Doch in Wirklichkeit ist Kira an einem sicheren Ort und die Gestaltwandlerin aus "Die Suche" stellt Odo auf eine Probe seiner Loyalität. Desweiteren interessiert sich Nog für eine Aufnahme in die Sternenflotten-Akademie und fragt Sisko danach, der dies schließlich nach viel Überzeugungsarbeit durch Nog befürwortet...

Ein cardassianisches Wissenschaftler-Team will auf DS9 eine Relais-Station errichten, mit der man Botschaften durch das Wurmloch in den Gamma-Quadranten und wieder zurück schicken könnte. Commander Sisko ist begeistert; doch eine alte bajoranische Prophezeiung scheint die Ankunft der Cardassianer vorausgesagt zu haben. Dadurch wird das Projekt und mit ihm der Friedensvertrag zwischen Bajor und Cardassia gefährdet...

Nagus Zek kommt auf DS9 an und stürzt Quark in noch größere Verwirrung als bei ihren früheren Begegnungen. Er drückt Quark nämlich sein Buch mit den neuen 285 Erwerbsregeln in die Hand. Alle predigen Fairness, Großmut und Selbstlosigkeit. Quark und sein Bruder Rom können nicht glauben, dass hier alles mit rechten Dingen zugeht. Seine Recherchen führen Quark in das Wurmloch. Tatsächlich bekennen sich die Wurmloch-Wesen an Zeks Charakterwandlung schuldig. Unterdessen erfährt Bashir, dass er für den Carrington-Award, einen Mediziner-Preis, nominiert ist. Seine Freunde vertrauen darauf, dass er ihn bekommt. Bashir ist sich dessen aber nicht so sicher...

Bei einem Unfall wird O´Brien von radioaktiven Isotopen überflutet, doch ernsthaft verletzt scheint er nicht zu sein. Beruhigt wendet sich Sisko den Verhandlungen mit den Romulanern zu. Im Austausch für Informationen über das Dominion wollen diese auf der Defiant einen Tarnschild installieren. Währenddessen hat O´Brien eine Vision: Er sieht sich selbst, und zwar fünf Stunden in der Zukunft. Die Visionen häufen sich, und schließlich erlebt er die Explosion von DS9 mit. Alles deutet darauf hin, dass die Sache mit den Romulanern und ihrer Angst vor dem Dominion zu tun hat...

Nachdem Dr. Bashir von einem Einbrecher niedergeschlagen wurde, wacht er in einer verwüsteten DS9-Raumstation auf. Sisko, Dax, Kira und die anderen verhalten sich sehr seltsam, er selbst altert von Minute zu Minute. Doch die Stimmen, die Bashir hört, bringen ihn auf des Rätsels Lösung: Er liegt in einem telepathischen Koma. Alles, was er erlebt, spielt sich nur in seinem Kopf ab. Sisko und die anderen verkörpern Aspekte seiner Persönlichkeit. Wenn Bashir die Station, sprich: seinen Kopf, reparieren kann, dann wird er auch aus dem Koma erwachen...

O´Brien, besser gesagt: sein Gegenstück, entführt Sisko in das Spiegeluniversum. Sisko soll dort die Mission seines ums Leben gekommenen Gegenstücks zu Ende führen. Eine terranische Wissenschaftlerin entwickelt gerade ein Gerät, mit dem die despotische Alliance des Spiegeluniversums die Freiheitskämpfer in den Badlands aufspüren könnte. Sisko soll sie davon abhalten - schließlich ist die Wissenschaftlerin seine Frau Jennifer...

Eine Explosion zerstört Garaks Geschäft, er selbst entkommt jedoch unverletzt. Odo vermutet das Motiv für den Anschlag in Garaks ehemaliger Zugehörigkeit zur cardassianischen Geheimorganisation - dem "Obsidianischen Orden". Sein Verdacht wird bestätigt, als er herausfindet, dass auch auf andere ehemalige "Kollegen" Garaks Attentate verübt wurden. Ihre Nachforschungen führen Garak und Odo an die cardassianische Grenze. Dort fallen sie einer cardassianisch-romulanischen Invasionstruppe in die Hände, die das Dominion im Gamma-Quadranten erobern will...

Nachdem Garak entdeckt hat, dass sein alter Bekannter Enabran Tain die Invasionstruppe anführt, macht er mit ihm gemeinsame Sache. Doch als er Odo foltern soll, um ihn zur Kooperation zu bewegen, zeigt sich sein wahres Wesen. Beim Angriff auf den Heimatplaneten der Gründer, der Herren des Dominion, laufen Enabran Tain und seine Truppe in eine Falle...

Sisko baut eine neue Version eines alten bajoranischen Raumschiffes, um die Wahrheit über eine 800 Jahre alte Legende herauszufinden. Sisko und Jake begeben sich mit dem Schiff auf die Reise und beweisen, dass vor Jahrhunderten bereits Bajoraner auf Cardassia Prime waren. Die Cardassianer geben zu, bajoranische Ruinen auf ihrem Heimatplaneten gefunden zu haben...

Die FCA macht Quark dafür verantwortlich, dass sich seine Mutter Ishka unanständig benimmt. Sie trägt Kleider und macht einen Haufen Geld! Die Lösung von Quarks Problem kommt von einer unerwarteten Seite: seinem Bruder. Währenddessen will Jake seinen Vater mit der Frachterkapitänin Cassidy Yates verkuppeln. Sisko ist der Dame durchaus zugeneigt; schließlich ist sie nicht nur attraktiv, sondern teilt auch seine Liebe für Baseball...

Kira wird nach Bajor gesandt, auf eine Mission gegen Shakaar, ihren früheren Anführer der Widerstandsbewegung. Doch Kira schließt sich ihm als Flüchtling an, als Kai Winn die Herrschaft über die provisorische Regierung übernimmt und diktatorische Maßnahmen durchzusetzen versucht. Winn wird abgesetzt, bleibt aber weiter Kai, und Shakaar übernimmt die Führung der Regierung...

Jadzia Dax bittet ihre Freunde um Hilfe beim Zhian´tara, einem Trill-Ritual, bei dem sie ihre früheren Wirte treffen kann. Dazu braucht sie die Körper von Sisko und den anderen. Das Ritual soll Jadzia mehr über sich selbst und ihre verschiedenen Seiten erzählen. Doch Curzon fühlt sich in Odo - und Odo mit Curzon - so wohl, dass die beiden sich nicht mehr trennen wollen. Quarks Neffe Nog hat derweil ganz andere Probleme: Unter den wachsamen Augen von O´Brien bereitet er sich auf die Aufnahmeprüfung für die Akademie vor...

Auf Siskos erstem Flug als frischgebackener Captain erreicht ein Notruf der Tal´Shiar die Defiant. Doch Sisko kann nichts tun: Er hat einen Saboteur an Bord, der noch dazu ein Formwandler ist. Dieser übernimmt das Kommando über das Schiff. Anscheinend will das Dominion im Alpha-Quadranten den Weg für eine Invasion vorbereiten. Sisko kann nichts dagegen unternehmen - ausser die Defiant zu zerstören...