Unimatrix Zero, eine Einrichtung für gewisse Borg des Kollektivs, ist bedroht durch die Borg-Queen, welche diese Einrichtung auf jeden Fall zerstören will. Währenddessen versucht Janeway das Kollektiv zu infiltrieren, indem sie als Borg-Drohne auf eine Undercover-Mission geht. Als die Borg-Königin dies entdeckt, will sie sogar über ihre eigene Leiche gehen, um die Unimatrix Zero und Janeway zu stoppen...

Als das Kortikalimplantat von Seven nicht mehr arbeitet, versucht die Crew, einen Ersatz zu finden, zum Beispiel von einem toten Borg. Dies geht jedoch nicht - ein Implantat eines lebenden Borgs ist notwendig. Für Seven sieht es schlecht aus - sie muss wohl sterben, aber bevor das passiert, rettet Icheb sie, indem er sein eigenes Implantat entfernt. Ihm ist es wahrscheinlich möglich zu überleben, weil er nie komplett assimiliert wurde - schließlich ist er noch ein Kind...

Paris nimmt an einem Rennen teil - mit dem Delta-Flyer. Für die organisierende Spezies ist dieses Rennen eine Friedensfeier nach vielen Jahren des Krieges. Torres wird Toms Co-Pilot. Auch Harry nimmt teil - er geht mit einer weiblichen Pilotin ins Rennen, weil alle ihre Co-Piloten verletzt sind. Allerdings stellt sich heraus, dass sie feindlich gesinnt ist und versucht, den Frieden zu zerstören...

Auf seltsame Weise werden an Bord der Voyager nach und nach alle Maquis-Mitglieder, später auch die restliche Crew, ausgelöscht. Tuvok geht dem ganzen nach, und stößt schon bald auf einige erschreckende Tatsachen...

Der Doktor der Voyager wird gestohlen und dazu eingesetzt, auf einem Lazarett-Schiff zu arbeiten. Während die Crew versucht, ihn zu finden, nimmt er die Lösung des Problems in die eigenen Hände...

Die Crew der U.S.S. Voyager bekommt einen unerwarteten Bonus zu den normalen "Briefen" der Sternenflotte aus dem Alpha-Quadranten. Als ein Hologramm von Reginald Barclay auftaucht und ihnen erzählt, dass es einen Weg gibt, binnen weniger Tage nach Hause kommen zu können, sind alle sehr zuversichtlich. Der Plan ist in der Theorie recht gefährlich, aber das Barclay-Hologramm überzeugt die Crew, dass das Risiko nur minimal ist. Derweil im Hauptquartier der Sternenflotte weiß der echte Reginald Barclay noch nichts von seinem Doppelgänger und seinen Aktionen...

Die USS Voyager folgt einem Notruf einer Ausbildungsstätte der Hirogen, wo sie dann aber nur eine holographische Umgebung findet. Die holographische Technologie, welche den Hirogen von Captain Janeway gegeben wurde für die Kampfvorbereitung, wurde modifiziert bis zu dem Punkt, an dem die Gejagten zu den Jägern wurden. Die Hologramme wurden nicht nur selbständig, sie sind sogar eine neue Rasse, welche Schutz vor "organischer" Sklaverei und Brutalität suchen. Während sie versuchen, einer "ihrer eigenen" zu befreien, kidnappen die Hologramme den Doktor, welcher sich bald in einem Interessenkonflikt zwischen seiner Loyalität zur Voyager und den holographischen Wesen wiederfindet...

Die USS Voyager folgt einem Notruf einer Ausbildungsstätte der Hirogen, wo sie dann aber nur eine holographische Umgebungen findet. Die holographische Technologie, welche den Hirogen von Captain Janeway gegeben wurde für die Kampfvorbereitung, wurde modifiziert bis zu dem Punkt, an dem die Gejagten zu den Jägern wurden. Die Hologramme wurden nicht nur selbständig, sie sind sogar eine neue Rasse, welche Schutz vor "organischer" Sklaverei und Brutalität suchen. Während sie versuchen, einer "ihrer eigenen" zu befreien, kidnappen die Hologramme den Doktor, welcher sich bald in einem Interessenkonflikt zwischen seiner Loyalität zur Voyager und den holographischen Wesen wiederfindet...

Auf der Suche nach Dilithium geraten Neelix, Seven of Nine und Harry Kim mit dem Delta Flyer in ein Gefecht zwischen zwei bisher unbekannten Völkern des Delta Quadranten. Kim gelingt es, ein Krayon-Schiff vor der Zerstörung zu bewahren, die Kommando-Crew wird aber getötet und benötigt nun einen neuen Captain. Kim bekommt das Angebot, neuer Kommandant des Schiffes zu werden, welches er dadurch, dass er während seiner Sternenflotten-Karriere stets nur ein Fähnrich war, schließlich ohne langes Zögern annimmt. Doch schon bald bekommt er in einem komplizierten und gefährlichen Konflikt die Last, die ein Captain nicht selten ertragen muß, zu spüren...

Die Voyager trifft auf eine temporale Anomalie. Diese trifft genau auf Chakotay. Darauf geraten die verschiedenen Bereiche des Schiffes in unterschiedliche Zeitebenen ihrer Geschichte. Nachdem der Doktor ein Chronoton-Serum entwickelt hat, um den Auswirkungen der temporalen Anomalie entgegenzuwirken, merkt Chakotay, dass er der einzige ist, der sich frei im Schiff umherbewegen kann. Indem er Allianzen mit Crewmitgliedern sowohl in der Vergangenheit als auch der Zukunft schmiedet, versucht er, den Normalzustand wiederherzustellen...

Als die Voyager in einer leeren Region des Weltraums gefangen wird, aus der es anscheinend kein Entkommen gibt, wird Janeway vor eine schwere Entscheidung gestellt. Wird sie schwaechere Schiffe zum Ueberleben ausbeuten oder sich weiterhin an die Prinzipien der Sternenflotte halten und ihre Crew sterben lassen?

Torres ist schwanger, doch ihre ungeborene Tochter hat eine erblich bedingte Rückenkrankheit. Der Doktor behebt das Problem mit einer DNA-Umordnung, aber das eröffnet Torres die Möglichkeit, die DNA ihres Kindes zu verändern. Weil sie als Kind wegen ihrer hervorstehenden Stirn gehänselt wurde und ihr Vater sie verlassen hat, weil es zu schwer für ihn war, mit zwei Klingonen zu leben, denkt sie, sie kann das ihrer Tochter ersparen und Paris davon abhalten, sie ebenfalls zu verlassen.

Die Voyager kommt einem stark beschädigten Gefangenentransporter zu Hilfe und muss nun eine Reihe von Todeszelleninsassen zu ihrer Exekution eskortieren. Ein Wiederholungsmörder entkommt jedoch und bedroht die Familie eines Offiziers, woraufhin ihm der Doktor Nanosonden injiziert. Diese veranlassen ihn, Reue zu zeigen und er verwandelt sich in einen braven Bürger. Seven, Janeway und der Doktor setzen nun alles daran, dass sein Leben verschont wird. Aber die Familie eines seiner Opfer will ihn tot sehen.

Vor Generationen verließ ein klingonisches Kriegsschiff den bekannten Raum und machte sich auf in die unbekannten Weiten. Als die Nachkommen der ursprünglichen Crew auf die Voyager treffen, ist es Janeways erste Bemühung, die Klingonen vom Ende der Feindseligkeiten zwischen der Föderation und dem klingonischen Imperium zu überzeugen. Die Klingonen leiden an einer genetischen Krankheit und es stellt sich heraus, dass es die gleiche Krankheit ist, die Torres' Kind hinter sich hat. Die Klingonen, die schon lange auf ein Zeichen gewartet haben, sehen nun in dem Kind ihren Messias, der eine lang erwartete Prophezeiung erfüllen soll. Sie zerstören ihr Schiff und über 200 Klingonen finden sich auf der Voyager wieder.

Als die Voyager in einer leeren Region des Weltraums gefangen wird, aus der es anscheinend kein Entkommen gibt, wird Janeway vor eine schwere Entscheidung gestellt. Wird sie schwaechere Schiffe zum Ueberleben ausbeuten oder sich weiterhin an die Prinzipien der Sternenflotte halten und ihre Crew sterben lassen?

Die Crew der Voyager wird einer Gehirnwaesche unterzogen und verlaesst das Schiff, um in einem industriellen Komplex zu arbeiten. Lediglich Chakotay, Kim, Neelix und das MHN sind nicht betroffen, da sie waehrend des Uebergriffes auf einer Shuttlemission waren. Nun liegt es an ihnen die Crew zu retten.

Die Crew der Voyager wird einer Gehirnwaesche unterzogen und verlaesst das Schiff, um in einem industriellen Komplex zu arbeiten. Lediglich Chakotay, Kim, Neelix und das MHN sind nicht betroffen, da sie waehrend des Uebergriffes auf einer Shuttlemission waren. Nun liegt es an ihnen die Crew zu retten.

Als die Voyager in eine gefährliche Region des Weltraums kommt, die von unbekannten Parteien für Waffentests benutzt wird, müssen sich das Schiff und seine Crew auf Seven of Nines Langstreckenscans verlassen, um aus dieser Gefahr heraus zu gelangen. Seven wird jedoch immer mehr durch ein persönliches Experiment abgelenkt, das für immer die Art und Weise ihres Umgangs mit den Crewmitgliedern verändern könnte.

Es ist nicht leicht, Vater zu sein, auch nicht für einen Q. Da Captain Janeway und die Besatzung der Voyager so hilfreich bei seinem Streben nach einem Kind waren ( siehe Voyagerfolge 53"Die "Q"-Krise"), entscheidet Q sich dafür, seinem Sohn von "Tante Kathy" ein paar verantwortungsbewusste Tugenden beibringen zu lassen. Obwohl er schon erwachsen erscheint, gestaltet sich der Umgang mit dem jungen Q noch schwieriger als mit seinem jähzornigen Vater, und seine Disziplinierung ist wegen seiner omnipotenten Kräfte nicht nur beinahe unmöglich, sondern auch gefährlich.

Als sich die Voyager immer mehr dem Alphaquadranten nähert, wird eine neue Art der direkten Kommunikation mit der Sternenflotte eingerichtet, die es der Crew erlaubt, einige Minuten mit der Familie und Freunden zu kommunizieren. Der Doktor hat zwar keine Familie oder Freunde auf der Erde, aber er hat einen Holoroman, den er Verlegern übergeben möchte - die Geschichte eines Schiffes, das auf der anderen Seite der Galaxie mit einer seltsam bekannten Crew an Bord gestrandet ist, die ihren holographischen Doktor, der in einer virtuellen Sklaverei lebt, kaum toleriert.

Nun, da eine reguläre Kommunikation zwischen dem Alpha- und dem Deltaquadranten möglich ist, bekommt die Crew der Voyager einen Auftrag von der Sternenflotte: die alte Erdensonde "Friendship One" zu lokalisieren und zu bergen. Die Trajektorie der Sonde, die im späten 21. Jahrhundert gestartet wurde, führt irgendwo in die Nähe der Position der Voyager. Aber niemand konnte vorausahnen, was eine Zivilisation des Deltaquadranten mit der gefundenen Sonde tun könnte.

Chakotay und Seven of Nine sind bei einem primitiven Volk gestrandet, als ihr Shuttle eine Energiebarriere entdeckt, die Captain Janeway und die Voyager daran hindert, sie zu lokalisieren. Die einzige Lösung, die sie versuchen könnten, würde die Oberste Direktive verletzen und die einheimische Kultur verunreinigen. Inzwischen macht Tom Paris einen falschen Zug, der ihn wertvolle Zeit kosten könnte.

Als Lebenszeichen auf einem nahegelegenen Asteroiden entdeckt werden, ist Neelix aufgeregt eine Gemeinschaft von Talaxianern entdeckt zu haben, die versuchen sich gegen gefährliche Aggressoren zu verteidigen, die nur die die Mineralien des Asteroiden ausbeuten wollen. Neelix Aufgabe ist es nun, die Niedergeschlagenen Brüder zu ermutigen für das Land das sie okkupieren wollen zu kämpfen.

Als Wesen aus dem Delta-Quadranten Captain Janeway als Geisel nehmen, hat der Doktor die Aufgabe für das Lösegeld zu sorgen: der Warpkern der "U.S.S. Voyager". Der Doktor muss nun die Crewmitglieder der "Voyager" täuschen und deren Identität annehmen. Er weiß, dass ein falscher Schritt die sofortige Exekution seines Captains zur Folge hat.

Es brauchte Jahrzehnte, bis die "U.S.S. Voyager" aus Delta-Quadranten nach Hause kam, Jahrzehnte, die Spuren bei der Schiffscrew und beim Captain hinterließen. Janeway ist nun Admiral in der Sternenflotte. Doch Kathryn Janeway kommt nicht mit dem Preis für die lange Passage klar und schmiedet einen ehrgeizigen und verboteten Plan um die Vergangenheit zu ändern und die "Voyager" zu der letzten Konfrontation mit ihrem größten Feind zu zwingen...

Es brauchte Jahrzehnte, bis die "U.S.S. Voyager" aus Delta-Quadranten nach Hause kam, Jahrzehnte, die Spuren bei der Schiffscrew und beim Captain hinterließen. Janeway ist nun Admiral in der Sternenflotte. Doch Kathryn Janeway kommt nicht mit dem Preis für die lange Passage klar und schmiedet einen ehrgeizigen und verboteten Plan um die Vergangenheit zu ändern und die "Voyager" zu der letzten Konfrontation mit ihrem größten Feind zu zwingen...